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Depuis sa création, la SFMG a progressivement construit sa reconnaissance en développant des partenariats. D'abord lors d'études ou de travaux de recherche, avec entre autre : INSERM, RNSP, MIRE, CNAMTS, DGS, AFSSAPS…
Puis, elle s'est attachée à créer des partenariats scientifiques et techniques, afin de progresser dans le domaine de la méthodologie, de l'organisation et du financement.
Ainsi en 2000, dans le but de renforcer la qualité scientifique de ses travaux, la SFMG a signé un accord-cadre de partenariat scientifique avec l'Unité INSERM 537, le CREGAS (INSERM U537/CNRS).
Depuis d'autres types de partenariats se sont mis en place avec l'IRDES, OPEN ROME et EPITER, mais aussi I&E, CM Internatinal, ORACLE et depuis peu avec SANOFI-AVENTIS.
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