Le Département organise la lecture des rapports d'activité de chaque groupe.
Il est chargé des rapports avec le CNFMC concernant l'attribution des équivalent heures aux médecins.
Il s'occupe des relations entre les différents groupes de pairs.

Il propose aux groupes qui le désirent une formation à la théorie professionnelle en médecine générale et au langage commun. Ces formations s'avéreront rapidement indispensables pour qui voudra comprendre les éléments qui sous-tendent les rapports professionnels et les rapports médecin malade. Un matériel pédagogique comprenant les différents articles publiés sur les groupes de pairs est à la disposition des médecins voulant créer un groupe dans leur région. Un médecin expert de la SFMG peut également se déplacer pour animer une réunion starter.

Il organise, chaque année, un symposium nationale des Groupes de Pairs. Chaque groupe y délègue un participant. Ceci pour échanger les expériences et déterminer les éventuels besoins de formation ( aussi bien en technique d'animation ou de modération des groupes, qu'en théorie).